A continuación aparece una lista de los arcos argumentales que se siguen en la saga Fábulas. Los nombres pertenecen a la traducción oficial en español, junto al nombre original en inglés, y los números que contienen cada uno de ellos:
- Leyendas en el exilio (Legends in Exile): Números 1-5.
Feroz debe investigar la desaparición de Rosa Roja, la hermana de Blancanieves.
- Rebelión en la granja (Animal Farm): Números 6-10
Los animales de La Granja (un lugar donde viven las fábulas que no pueden adoptar un aspecto humano) organizan un levantamiento para ocupar Villa Fábula y volver a las Tierras Natales.
- Una historia de amor (Storybook Love): Números 11-18
- Especial 18b: El último castillo
Este arco recopila cinco historias autoconclusivas:
- Un saco de huesos (Bag of bones): Jack engaña al Diablo en una partida de cartas durante la Guerra de Secesión y le gana un saco mágico en donde puede meter cualquier objeto que desee.
- Operación Sharp (A two-part caper): Un periodista mundano (como llaman las fábulas a los humanos) descubre la existencia de Villa Fábula y la comunidad debe decidir cómo actuar.
- Una historia de amor (Storybook Love): Barba Azul urde un plan para deshacerse de Feroz y Blancanieves mediante un encantamiento hipnotizador para que sean asesinados por Ricitos de Oro. Mientras tanto, el Príncipe Encantador decide postularse para alcalde de Villa Fábula. Blanca descubre que está embarazada de Feroz.
- Las novias de la cebada (Barleycorn Brides): Feroz le cuenta a Papamoscas una historia de Villa Pequeña.
- El último castillo (The last castle): Spin-off que narra la caída de uno de los últimos lugares de resistencia en las Tierras Natales.
- La marcha de los soldados de madera (March of the Wooden Soldiers): Números 19-21 y 23-27
El Príncipe Azul se postula como Alcalde de Villa Fábula, mientras la comunidad debe hacer frente al escape de Caperucita Roja de las Tierras Natales. El Adversario envía a sus mejores tropas a Villa Fábula para iniciar el asalto, y los habitantes deben defenderse lo mejor que pueden.
- Las crueles estaciones (The Mean Seasons): Números 22 y 28-33
Comprende tres arcos:
- Cenicienta la libertina (Cinderella Libertine): Tras su vida licenciosa y frívola, la Cenicienta oculta un secreto.
- Historias de guerra (War stories): Las aventuras de Feroz durante la Segunda Guerra Mundial.
- Las crueles estaciones (The mean Seasons): Blancanieves da a luz a los hijos que tuvo con Feroz, y debe mudarse a La Granja debido a que éstos tienen aspecto lobuno y no controlan sus poderes. Feroz se exilia ante la negativa de permitirle la entrada. En La Granja, Blancanieves conoce al Viento del Norte, el padre de Feroz, y envía a uno de sus hijos a buscar a su padre.
- Tierras natales (Homelands): Números 34-41
Comprende tres arcos:
- Jack Sé listo (Jack Be Nimble): Jack abandona Villa Fábula y va a Hollywood a organizar un estudio de filmación. Funciona como precuela a la serie Fábulas presenta: Jack (Jack of Fable).
- Tierras natales (Homelands): El Chico de Azul va en una misión a las Tierras Natales para asesinar al Adversario, pero termina descubriendo el secreto de su verdadera identidad.
- Mientras tanto (Meanwhile): número que relata lo que sucede en Villa Fábula durante la aventura del Chico de Azul en las Tierras Natales.
- Las mil y una noches (y sus días) (Arabian Nights (and Days)): Números 42-47
- Especial 47b: 1001 noches de nieve
Comprende tres arcos:
- Las mil y una noches (y sus días) (Arabian Nights (and Days)): Una delegación de las fábulas árabes liderada por Simbad visita Villa Fábula para tratar una alianza contra el inminente avance del Adversario.
- La Balada de Rodney y June (The Ballad of Rodney and June): Una historia anexa que involucra el amor de Rodney y June, dos soldados de madera de la élite del ejército del Adversario. La historia nos acerca a la vida dentro del Imperio, junto con su organización y su fortaleza militar.
- 1001 noches de nieve (1001 nigths of snowfall): spin-off que actúa como precuela a la serie regular en la que, durante una visita a las fábula árabes como emisaria, Blancanieves termina ocupando el lugar de Sherezade.
- Lobos (Wolves): Números 48-51
Comprende tres arcos:
- Lobos (Wolves): Mogwli busca a Bigby para advertirle de la ofensiva de las fábulas exiliadas en las Tierras Natales.
- Felices para siempre (Happy ever after): Feroz regresa de su exilio, entrega un mensaje al Adversario y se casa con Blancanieves.
- Lo grande y lo pequeño (Big and small): Cenicienta continúa con su misión en el Reino de las Nubes: debido a la enfermedad del rey de las nubes, debe transformarse en ratón y buscar la cura con los médicos de Villa Pequeña.
- Hijos del imperio (Sons of Empire): Números 52-59
Comprende tres arcos
- Hijos del imperio (Sons of Empire): El Adversario llama a un cónclave junto con la élite del Imperio para decidir qué hacer con Villa Fábula. Pinocho tiene que enfrentar sus lealtades opuestas.
- Santa Claus (Jiminy Christmas): Número especial de Navidad. Jack intenta robar la lista de chicos malos de Santa Claus.
- Padre e hijo (Father and Son): La familia de Feroz visita el reino de su padre, el Viento del Norte, y Feroz decide aclarar cuentas con él. En una cacería, sus hijos encuentran a los hermanos de Feroz, que se han convertido en más monstruos que lobos.
- Preguntas ardientes (Burning questions): Los lectores están invitados a hacer preguntas acerca de eventos sin resolver en la serie. Aquí se responden.
- El buen príncipe (The Good Prince): Números 60-69
Papamoscas, que nunca pudo aceptar la muerte de su esposa, debe afrontar su pasado. El número 64, Secretos de cumpleaños, narra los preparativos del cumpleaños de los hijos de Feroz y Blanca.
- La gran guerra (War and Pieces): Números 70-75
Comprende tres arcos:
- La tierra prometida (Kingdom Comes): el Chico de Azul y Rosa Roja discuten sobre su relación, mientras comienzan los preparativos para la guerra.
- El engaño (Skullduggery): Cenicienta salda su deuda con Frau Totenkinder con una misión secreta que la lleva al sur del continente.
- La gran guerra (War and Pieces): Villa Fábula y el Imperio van a la guerra.
- Las edades oscuras (The Dark Ages): Números 76-82
Comprende dos arcos:
- Las edades oscuras (The Dark Ages): Tras la caída del Imperio, las Tierras Natales y el mundo mundano se ven nuevamente en peligro por una oscura fuerza que ha sido liberada y que amenaza con destruir ambos mundos.
- Regreso al Libro de la selva (Homeland recovery): Mowgli es enviado a una misión de reconocimiento de su mundo en las Tierras Natales para ver si es posible el regreso.
- El gran cruce de Fábulas (The Great Fables Crossover): Números 83-85
- Brujas (Witches): Números 86-93
- Rosa Roja (Rose Red): Números 94-100
- Supergrupo (Super Team): Números 101-107
- Heredar el viento (Inherit the Wind): Números 108-113
- Cachorros en la tierra de los juguetes (Cubs in Toyland): Números 114-121
- Blanca Nieves (Snow White): Números 122-129